京都に生まれる。名は初め道昴、明治維新頃より百錬と改める。15歳ごろから国学・漢学を学び、やがて南北合派の窪田雪鷹、大角南耕に絵の手ほどきを受け、のち南宗画の小田海僊、大和絵の浮田一蕙に学ぶ。文久元年長崎に赴き明清画を実見、翌2年私塾を開設、書画で生計をたてながら国事に奔走する。明治2年立命館教員となり、学者として知られるようになる。15年京都薬屋町に転居、この居を終生の住処とし「万巻の書を読み、万里の路を往く」という理想を実践する。明清画や大和絵の模写に励み、文人画の近代的蘇生への歩みを続ける。27年京都市美術学校の修身科嘱託教授となり、30年に日本南宗画協会の結成に評議員として参加、定期展に出品を重ね、大正3年『安倍仲麻呂明州望月図・円通大師呉門隠栖図』(重要文化財)を制作する。日本最後の文人と謳われている。学者であり宮司でもあった。