スイスのベルン郊外で生まれる。画家、美術理論家。父は音楽教師、母も音楽学校で声楽を学ぶという音楽一家であった。高校を卒業してミュンヘンの美術アカデミーに入学する。象徴主義の画家シュトゥックに師事した。同窓生にはのちに抽象絵画の父とも呼ばれるカンディンスキーもいた。1906年、ミュンヘンに移り住んでからはセザンヌ、ゴッホ、マネ、ゴヤ、ロダンなどの研究をしたり日本の版画を学んだりしながら、線描の表現や明暗の効果的な使い方を模索する。1921年から31年まで、バウハウスで教鞭をとる。同僚にはカンディンスキーがいた。ナチス政権が行っていた前衛芸術への弾圧はクレーにもおよび、スイス・ベルンへ亡命。亡命後も精力的に創作した。比較的小ぶりな作品を制作し続け、すべての作品に題名と作品番号を記入した。1940年にスイスのロカルノ郊外で死去。日本では宮城県美術館に35点のコレクションがある。